Welcome to...
Department of Biology, Faculty of Science
Mahidol University
Wisdom of the Land
HomeAbout us
News and Events
Research
Facilities
Publications
Awards
Curriculums
eLearning
Staff
Alumni
Service
Shop
Webboard
Download
Contact us
| Department of Biology Webboard | |
| [Reload] [Recent] [Post] [Reply] | |
| SCBI 373: Primer design and in silico cloning 1. Name of plasmid 2. Name of coding sequences 3. Primer sequences 4. sequence of PCR products 5. Recombinant plasmid maps By: TJ May 4, 2011 14:27 Message 1: https://docs.google.com/viewer?a=v&pid=explorer&chrome=true&srcid=0B4LQlk3Z3dwfN2QxYWM5NzItMWMzZC00YmM3LWI2Y2QtZjdjYzU3OWY1MDRi&hl=en&authkey=COqd6_8E By: วุ่นวาย May 4, 2011 14:40 Message 2: https://docs.google.com/viewer?a=v&pid=explorer&chrome=true&srcid=0B4LQlk3Z3dwfN2QxYWM5NzItMWMzZC00YmM3LWI2Y2QtZjdjYzU3OWY1MDRi&hl=en&authkey=COqd6_8E หวังว่ามันจะเป็นลิ้งค์ครับ 55+ By: วุ่นวาย อีกรอบ May 4, 2011 14:41 Message 3: https://docs.google.com/document/d/134-jk-vQ2NXVXjSKyl6dPua1ixuHvA9whBU7qCOkbyo/edit?hl=en&authkey=CMnWq9AH TT6 ค่ะ By: พลอยสวย May 4, 2011 15:28 Message 4: https://docs.google.com/document/d/173wNttvGXtWrXWQcpASLU9Dt4DEboaTN54J0-4MUEOQ/edit?hl=en กลุ่ม S&M 4 ครับ By: กอบบุญ May 4, 2011 16:14 Message 5: http://www.mediafire.com/?bj7u55hedvu33yp S&M 3 ค่ะ By: aom May 4, 2011 16:15 Message 6: https://docs.google.com/document/d/173wNttvGXtWrXWQcpASLU9Dt4DEboaTN54J0-4MUEOQ/edit?hl=en# S&M กลุ่ม 4 คร้าบบบ (แก้ด้านบน) By: กอบบุญ May 4, 2011 16:17 Message 7: http://www.mediafire.com/?er5i7dq87tv9wwu By: S&M 6 May 4, 2011 16:21 Message 8: http://www.mediafire.com/file/6w0gt13a2o286hn/S%26M2.docx S&M2 By: แพร & ท๊อป May 4, 2011 16:27 Message 9: TT3ของเบญ กับ โบว์ https://docs.google.com/document/d/1wl1oHutQs4zzsqadGw8ku0SAwLNS6MvjYA6GlldLIr8/edit?hl=en By: BENJAMAPORN May 4, 2011 16:29 Message 10: http://www.mediafire.com/?44st5o4ltibozln By: TT2 บุษกร&อมรประภา May 4, 2011 16:31 Message 11: http://www.mediafire.com/?aljncq3l4romo8q กลุ่มศรีฟ้าาาาา By: S&M1 May 4, 2011 21:52 Message 12: การบ้านค่ะ https://docs.google.com/document/d/1OEuHFtmJYRSbkpgFAWww6tF82na_GYiAzbhrMhKtP4w/edit?hl=en&authkey=CKXwrccH product PCR+plasmid https://docs.google.com/leaf?id=0B457pEd3_RJ_NTZjOTYzMDUtMmVhMC00MTgyLTk4ZWItNGFlOGE5NDhlNGI4&hl=en&authkey=CKu18M4N product PCR https://docs.google.com/leaf?id=0B457pEd3_RJ_NzJmMmNlOTctOWNkYi00YzA3LWE1NzctNmU0YzRmZmU1NTJi&hl=en&authkey=CM3QjfQE โดย: Valentine วันที่ 4 พฤษภาคม 2554 21:58 น. Message 13: http://www.mediafire.com/?y8m5dnlnhzuiame TT4 ผิง & ทิปทอป By: TT4 ผิง & ทิปทอป May 4, 2011 22:26 Message 14: T T กลุ่ม1 bank & เล็ก http://www.mediafire.com/?17dkmvrr0zc9ybn By: T T กลุ่ม1 bank & เล็ก May 4, 2011 22:40 Message 15: แก้จากข้างบน เอาไฟล์นี้ค่ะ http://www.mediafire.com/?pq1sdootd0wehrf By: TT4 ผิง & ทิปทอป May 4, 2011 22:59 Message 16: เดี๋ยวจะโหลดไปดูพรุ่งนี้นะครับ หากใครยังไม่เข้าใจ ก็ถามไถ่กันวันศุกร์ครับ By: TJ May 4, 2011 23:30 Message 17: อ.ครับ ผมจะพยายามตั้งใจเรียนให้มากขึ้นนะครับ เห็นอ.ทุ่มเทให้นักศึกษาทุกคนแบบนี้ มันทำให้วิชานี้น่าเรียนมากๆครับ ^^ By: ขอบคุณครับ May 5, 2011 00:21 Message 18: คือสงสัยว่าขั้นตอนของการคัดเลือกทรานซ์ฟอร์เเมนซ์ด้วยพีซีอาร์น่ะครับทำไมไม่ใช้ gel electrophoresis ไปเลยเพราะเราเช็คเเค่ขนาดของรีคอมบิเเนซืพลาสมิดดีเอ็นเอไม่ใช่หรอครับ By: ชิวชิว May 5, 2011 14:52 Message 19: คือสงสัยว่าขั้นตอนของการคัดเลือกทรานซ์ฟอร์เเมนซ์ด้วยพีซีอาร์น่ะครับทำไมไม่ใช้ gel electrophoresis ไปเลยเพราะเราเช็คเเค่ขนาดของรีคอมบิเเนซืพลาสมิดดีเอ็นเอไม่ใช่หรอครับ By: ชิวชิว May 5, 2011 14:52 Message 20: คือสงสัยว่าขั้นตอนของการคัดเลือกทรานซ์ฟอร์เเมนซ์ด้วยพีซีอาร์น่ะครับทำไมไม่ใช้ gel electrophoresis ไปเลยเพราะเราเช็คเเค่ขนาดของรีคอมบิเเนซืพลาสมิดดีเอ็นเอไม่ใช่หรอครับ By: ชิวชิว May 5, 2011 15:28 Message 21: คือสงสัยว่าขั้นตอนของการคัดเลือกทรานซ์ฟอร์เเมนซ์ด้วยพีซีอาร์น่ะครับทำไมไม่ใช้ gel electrophoresis ไปเลยเพราะเราเช็คเเค่ขนาดของรีคอมบิเเนซืพลาสมิดดีเอ็นเอไม่ใช่หรอครับ By: ชิวชิว May 5, 2011 15:28 Message 22: ทำได้ทั้งสองอย่างครับ ที่เลือกใช้ colony PCR เพราะเร็วและสะดวกกว่า อีกวิธีหนึ่งคือสกัดพลาสมิดออกมาแล้วรันเจลดูขนาด หรือบางครั้งตัดด้วยเอนไซม์แล้วดูขนาด ก็สามารถทำได้ แต่อย่าลืมว่าเราต้องเพาะเชื้อมาก่อนแล้วสกัดพลาสมิดจากนั้นถึงรันเจล จะใช้เวลาสองสามวัน ส่วน colony PCR สามารถทำได้ภายในวันเดียว By: TJ May 5, 2011 16:11 Message 23: แก้ครั้งสุดท้ายค่ะ http://www.mediafire.com/?4e62cy90oa0oh7h By: TT4 ผิง & ทิปทอป May 5, 2011 16:36 Message 24: เเล้ว colony PCR นี่ต้องออกเเบบไพรเมอร์อีกทีนึงรีเปล่าครับ 1. คือพอสกัดรีคอมบิเเนนซ์พลาสมิดดีเอ็นเอจาก เเบคทีเรียลโฮสเซลล์เเล้ว ก็ต้องเพิ่มจำนวน รีคอมบิเเนนซ์พลาสมิดดีเอ็นเอ ด้วยวิธี PCR ใช่มั๊ยครับ 2. เเต่ว่าในจานอาหารเลี้ยงเชื้อมันก็มีโคโลนีที่มีรีคอมบิเเนนซ์พลาสมิดดีเอ็นเอ ที่มากพออยู่เเล้วไม่ใช่หรอครับ 3. หรือว่า มีโคโลนีที่มีเเค่ pET-28a รวมอยู่ในจานอาหารเลี้ยงเชื้ออยู่ด้วยคือสับสนว่า โคโลนีเพียงโคโลนีเดียวมีทั่้งรีคอมบิเเนนซ์พลาสมิดดีเอ็นเอเเละ pET-28a หรือว่ามีเพียงอย่างใดอย่างหนึ่ง 4. ถ้าดูจากลักษณะภายนอกเช่น สี ขนาดพอจะดูออกได้มั๊ยครับว่าตรงนี้มี รีคอมบิเเนนซ์พลาสมิดดีเอ็นเอ หรือ ตรงนี้เป็นเเค่ pET-28a เฉยๆๆ By: ชิวชิวงงๆ May 5, 2011 17:01 Message 25: ดีมากเลยนะครับที่เราอ่านก่อนล่วงหน้า เพื่อทราบขั้นตอนทั้งหมด จะได้เข้าใจภาพรวมได้ แต่เดี๋ยวเราก็จะได้เรียนกันนะครับ ตอนคัดเลือกสายพันธุ์ที่เป็นรีคอมไบแนนซ์ แต่ทุกคำถามข้างต้นนั้น ให้เราลองคิดดูก่อนว่าเป็นอย่างไร เพราะอะไร แล้วเรามาอภิปรายกันในห้องเรียน คำถามต่อเนื่องจากข้างบน 1. เราสามารถเพิ่มจำนวนพลาสมิดดีเอ็นเอได้ด้วย PCR หรือไม่? เพราะเหตุใด? 2. เราทราบได้อย่างไรว่าเพลทของเราจะมีโคโลนีที่มีรีคอมไบแนนซ์พลาสมิดที่มากพอ? 3. โคโลนีที่เห็นบนเพลท เกิดมาจากแบคทีเรียได้หลายชนิดหรือไม่? คำตอบข้อ 4 คือได้ในบางกรณี พลาสมิดบางชนิดมียีนที่เป็นเอนไซม์สามารถสลายโมเลกุลบางชนิดเพื่อให้โคโลนีมีสี เมื่อเราตัดต่อยีนลงในตำแหน่งของยีนที่ให้เอนไซม์นั้น โคโลนีที่เป็นรีคอมไบแนนซ์ ก็จะไม่เกิดสี เช่น blue-white colony screening ที่ใช้ lacZ gene มาเป็นตัวคัดเลือก By: TJ May 5, 2011 18:25 Message 26: TT5 - well done ครับ TT6 - ลองดู forward primer ใหม่อีกทีนะครับ ไม่มี NcoI site By: TJ May 5, 2011 18:40 Message 27: TT4 - ลองเช็ค reverse primer นะว่า codon หลังจากยีนนั้นจะได้ HHHHHH หรือไม่ TT3 - ทั้ง forward และ reverse primers มีส่วนที่เป็นคู่สมกับยีนที่เราจะศึกษาน้อยเกินไป (น่าจะมีเกินกว่า 10 เบส) และส่วน 3' ของ forward primer น่าจะเป็น C หรือ G เพื่อให้จับกับสายแม่แบบได้ดี แล้วลองเช็ค reverse primer ว่าจับกับสายแม่แบบได้หรือไม่ (ใบ้ให้ว่ามีเบสหนึ่งเบสที่เปลี่ยนไป) By: TJ May 5, 2011 18:53 Message 28: TT2 - ทั้งคู่น่าจะใส่ C หรือ G ไว้ที่ท้าย 3' ส่วนการคำนวณ Tm ลองให้ไปคำนวณใหม่ดูนะครับ หากใช้ Tm = 76 แล้วน่าจะสูงไปหน่อยนึง TT1 - well done ครับ By: TJ May 5, 2011 19:10 Message 29: S&M1 - น่าจะเพิ่มเบสอีก 2 ตัวใน forward primer เพื่อให้ Tm สูงขึ้นเท่ากับ reverse primer และจะได้มีส่วนที่เป็น complementary กับยีนที่ศึกษาเพิ่มขึ้นด้วย S&M2 - โอเคครับ แต่น่าจะลองปรับ Tm ของ primers ทั้งคู่ให้ใกล้เคียงกันมากกว่านี้ซักหน่อยนึง S&M3 - หากทำ PCR ด้วย primers ที่เราสร้างจริง ๆ ไม่น่าจะได้ผล เพราะ forward primer เรามีส่วนที่จะไปจับกับสายแม่แบบเพียงสองเบสเท่านั้น คือ AT ที่ 3' ของไพร์มเมอร์ และส่วนที่เป็น reverse primer ที่เป็น complementary กับ DNA template นั้นมีแต่ A และ T ทำให้จับกันได้ยาก By: TJ May 5, 2011 19:27 Message 30: S&M4 - ก็โอเคนะ แต่ forward primer มีเบสที่จะจับกับสายแม่แบบน้อยไปนิดนึง แล้วทั้งคู่ลงท้าย 3' ด้วย A น่าจะยีดมาอีกทำให้ลงท้ายด้วย G หรือ C S&M5- well done ครับ S&M6 - well done ครับ By: TJ May 5, 2011 19:39 Message 31: ตอบอาจารย์ TJ ครับ 1. เราเพิ่มพลาสมิดดีเอ็นเอด้วยวิธีการ Transformation(คือนำรีคอมบิเเนนท์พลาสมิดดีเอ็นเอเข้าสู่เเบคทีเรียลเซลล์โฮสต์ 2. คือถ้าดู plastmid map ของ pET-28a ครับจะมียีนที่ต้านทานต่อยาปฏิวีวนะ Kan(คานามัยซิน) ส่วนรีคอมบิเเนนท์พลาสมิดดีเอ็นเอ ก็มียีนต้านทานต่อยาปฏิชีวนะ Kan(คานามัยซิน) อยู่ 2 ตำเเหน่ง คือตำเเหน่งเดิมที่ไม่ถูกตัดด้วยเอ็นไซม์ตัดจำเพาะเเละตำเเหน่งใหม่ที่บริเวณ MSC เเล้ว พอเราทำ Transformation บนอาหารเลี้ยงเซลล์ที่ผสมยาปฎิชีวนะคานามัยซิน โคโลนีที่เกิดขึ้นก็จะมีทั้งโคโลนีเเบคทีเรียที่มี pET-28a เเละโคโลนีของเเบคทีเรียที่มีรีคอมบิเเนท์พลาสมิดดีเอ็นเอครับ 3.เนื่องจากเเบคทีเรียที่ใช้ คือ E.coli BL21 DE3 หากไม่มีการคอนตามิเนทจากภายนอก ฉะนั้นโคโลนีที่เราเลี้ยงบนอาหารเลี้ยงเซลล์ก็น่าจะมีเพียงชนิดเดียวครับ By: ชิวชิวงงๆๆ May 5, 2011 20:32 Message 32: เเก้ข้อ 2. ครับ จาก MSC เป็น MCS (Multiple Cloning Site) ^^ By: ชิวชิว อีกครั้ง May 5, 2011 20:37 Message 33: Recombinant - รีคอมไบแนนท์  Halley (Lv 90)Ultimate Reader Exp: 7332 By: Halley May 5, 2011 20:41 Message 34: เเก้ข้อ 1. ครับเป็นเเบคทีเรียลโฮสต์เซลล์ ครับ........... By: ชิวชิว อีกที May 5, 2011 20:41 Message 35: ตอบชิวชิวงงงง คิดว่ามาถามในห้องดีกว่านะ พิมพ์ไปๆมาๆ แล้วอาจจะยาวได้ เท่าที่อ่านจากคำตอบของเรา ยังมีความงงๆ อยู่ในนั้น หวังว่าถ้าผ่านคอร์สนี้ไป น่าจะมี clearer view เกี่ยวกับเรื่องนี้มากขึ้น ตอบฮัลเล่ย์ เนื่องจากการเน้นคำอยู่ที่พยางค์ที่สองคือ คอม ทำให้พยางค์ที่สามคือ ไบ หรือ บิ น่าจะออกอย่างไรก็ได้ คนฟังน่าจะเข้าใจทั้งสองอย่าง แต่ที่เขียน รีคอมไบแนนซ์ (recombinance) มิใช่มาจากสำเนียงบริติชแต่อย่างใด แต่มาจากกิริยาว่า recombine (รีคอมไบน์) อาจจะต้องลองไปค้นราชบัณฑิตดูเพื่อสะกดอย่างถูกต้องในภาษาไทย By: TJ May 5, 2011 21:16 Message 36: น่าจะเป็น recombinant มากกว่า recombinance ครับ By: ชิวชิวงงงง May 5, 2011 21:38 Message 37: ใช่ครับ ขออภัย recombinant ควรเขียนภาษาไทย รีคอมไบแนนต์ ไม่น่าใช่ ซ์ เขียนเองงงเอง By: TJ May 5, 2011 21:43 Message 38: รายงานค่ะอาจารย์ ได้เอาเชื้อใส่เครื่องเขย่าไปเเล้วค่ะ By: Valentine May 5, 2011 21:52 Message 39: รายงานค่ะอาจารย์ ได้เอาเชื้อใส่เครื่องเขย่าไปเเล้วค่ะ By: Valentine May 5, 2011 21:54 Message 40: อิอิ ตอนนี้ผมติดอ่าน Methyl ว่า มี-ธาลลล์ ไปแล้วล่ะครับ ;) Halley (Lv 90)Ultimate Reader Exp: 7339 By: Halley May 5, 2011 22:47 Message 41: TT6 แก้แล้วนะครับ พอดีพลอยสวยพิมพ์ผิด เบสตัวที่ 9 จาก G เป็น T By: อ๊อฟฟี่ May 6, 2011 15:19 Message 42: งั้นอ่านสำเนียงญี่ปุ่นกันดีกว่าคับ ริคงบินัน พาซึมิโดะ ~! By: วุ่นวายค้าบ May 6, 2011 15:21 Message 43: ^ Halley (Lv 90)Ultimate Reader Exp: 7350 By: Halley May 6, 2011 16:42 Message 44: เอ้า บ้าตาม เดี๋ยวนี้อะไร ๆ ก็เกาหลี เค้าเรียกว่า 재조합 플라스미드 อ่านออกเสียงว่า เจโจะแฮบ พลิลาสซีมิดึ :-) อย่าลืมไปค้นคว้านะครับทุกคนว่าทำไมเวลาเรารันเจลวันนี้จึงได้เป็นสามแบนด์ พร้อมกับปื้น ๆ ที่อยู่ด้านล่าง แล้ววันจันทร์เราลองมาอภิปรายผลกัน By: TJ May 6, 2011 19:10 Message 45: มันไม่ recognize อักษรเกาหลี ;-( By: TJ May 6, 2011 19:11 Message 46:
Halley (Lv 90)Ultimate Reader Exp: 7357 By: Halley May 6, 2011 21:01 Message 47: แก้Forward primer กับ Reverse primer คะ (ให้ยาวขึ้น) S&M 3 : http://www.mediafire.com/?3xnjd8vnxcbuuy3 โดย: Pim วันที่ 7 พฤษภาคม 2554 09:25 น. Message 48: แก้Forward primer กับ Reverse primer คะ (ให้ยาวขึ้น) S&M 3 : http://www.mediafire.com/?3xnjd8vnxcbuuy3 โดย: Pim วันที่ 7 พฤษภาคม 2554 09:38 น. Message 49: https://docs.google.com/document/d/1wl1oHutQs4zzsqadGw8ku0SAwLNS6MvjYA6GlldLIr8/edit?hl=en&pli=1# แก้งานของกลุ่ม TT3 ตรงprimer design By: BEN & BOW May 9, 2011 14:25 | |
| [Back to top...] | |
| Post Reply to this Topic | |
|
Special Tags: Bold = [b]Bold[/b] Gallus gallus domesticus = [i]Gallus gallus domesticus[/i] WARNING! = [font color=#FF0000]WARNING![/font] http://www.sc.mahidol.ac.th/scbi = [url]http://www.sc.mahidol.ac.th/scbi[/url] scnop@mahidol.ac.th = [email]scnop@mahidol.ac.th[/email]  = //Angry = //Grin = //Kidding = //Laugh = //Sad = //Wow = //Smile = //Cool = //Huh = :-DInsert picture [img]http://www.somewhere.com/somefile.jpg[/img] | |
| |
| |
|
Department of Biology, Faculty of Science, Mahidol University Rama VI Road, Rachadhavi, Bangkok 10400 Thailand Tel. (+66) 2201-5250 Fax. (+66) 2354-7161 Webmaster: scnop@mahidol.ac.th | |
| |
|
|
