ยินดีต้อนรับ
ภาควิชาชีววิทยา คณะวิทยาศาสตร์
มหาวิทยาลัยมหิดล
ภูมิปัญญาของแผ่นดิน

หน้าแรก
เกี่ยวกับเรา
ข่าวและกิจกรรม
งานวิจัย
ห้องปฏิบัติการ
ผลงานตีพิมพ์
รางวัลเกียรติคุณ
หลักสูตรการศึกษา
เรียนออนไลน์
บุคลากร
ศิษย์เก่า
บริการ
ร้านหนังสือ
เว็บบอร์ด
ดาวน์โหลด
ติดต่อเรา
หน้าแรกแบบใหม่
หน้าแรก | คณะวิทยาศาสตร์ | มหาวิทยาลัยมหิดล | คำถามทั่วไป | สมาชิก | English

เว็บบอร์ดภาควิชาชีววิทยา
ค้นหา:
[ดูหัวข้อกระทู้] [กระทู้สมัยนิยม] [ตั้งกระทู้ใหม่] [ตอบกระทู้]
SCBT 401 Bioinformatics -- Phylogenetic Laboratory II

Detail: ขอให้นักศึกษาดาวน์โหลดเอกสารแนะนำปฏิบัติการได้ที่ SCBT401_NO_02_Phylogenetics_Lab_2_20090804.pdf

ให้แต่ละคนหรือแต่ละกลุ่มโพสต์หัวข้องาน, ฐานข้อมูลที่ใช้, เว็บไซต์ของโปรแกรมที่ใช้ ลงในกระทู้นี้

ส่งรายงานทางอีเมล์ไปที่ scnop@mahidol.ac.th (อ.ณัฐพล) ภายในวันพุธหน้า

Update:

  1. Phylogenetic study of swine flu, bird flu, influenza, and Chikungunya virus.
  2. Phylogenetic study of deer evolution.
  3. Phylogenetic study of Chikungunya and 4 Dengue virus serotypes.
  4. Phylogenetic study of mice and men.
  5. Phylogenetic study of turtles.
  6. Phylogenetic study of aquatic and terrestrial mammals.
  7. Phylogenetic study of panda and other mammals.
  8. Phylogenetic study of some domesticated dog.
  9. Phylogenetic study of Dengue viruses and Hantaavirus.
  10. Phylogenetic study of rabbits.
  11. Phylogenetic study of cockroaches.
  12. Phylogenetic study of Dengue serotype 2 strains.
  13. Phylogenetic study of domestic and wild cats.

หมายเหตุ: ข้อมูลเหล่านี้เป็นรายงานปฏิบัติการในการเรียนการสอน ไม่ควรนำไปอ้างอิง

By: อ.ณัฐพล August 4, 2009 13:21


ข้อความที่ 1:
Identify your question :
เปรียบเทียบความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการของ Chikungunya virus กับ Dengue virus ทั้ง 4 serotype
Design your bioinformatics study :
-Obtaining sequences
ที่มา http://www.ncbi.nlm.nih.gov
Keywod search:
Dengue virus type 1
Dengue virus type 2
Dengue virus type 3
Dengue virus type 3
Chikungunya virus
-Sequence alignment
ที่มา http://www.genebee.msu.su/services/phtree_full.html
-Phylogenetic tree reconstruction and evaluation
ที่มา http://www.genebee.msu.su/services/phtree_full.html
โดย 1.ศิริขวัญ 4905059 2.ณภัทร 4905211 3.วราลี 4905308

By: 4905-059/211/308 August 4, 2009 16:01

ข้อความที่ 2:
Post your miniproject questions.
- กระต่ายและหนูมีบรรพบุรุษร่วมกันหรือไม่

Post your selected databases.
- NCBI

Post your selected alignment service website (URLs).
- http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html

Post your selected phylogenetic tree reconstruction websites (URLs).
- http://www.genebee.msu.su/services/phtree_full.html



By: กนกวรรณ(110),จุฑามาศ(011) August 4, 2009 16:17

ข้อความที่ 3:
Identify your question :
เปรียบเทีนยบความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการของ Dengue virus ทั้ง 4 serotype กับ Hantavirus และ Hantaan virus
Design your bioinformatics study :
-Obtaining sequences
ที่มา http://www.ncbi.nlm.nih.gov
Keywod search:
Dengue virus type 1
Dengue virus type 2
Dengue virus type 3
Dengue virus type 4
Hantavirus
Hantaanvirus
-Sequence alignment
ที่มา http://www.genebee.msu.su/services/phtree_full.html
-Phylogenetic tree reconstruction and evaluation
ที่มา http://www.genebee.msu.su/services/phtree_full.html
โดย 1.คมสัน 4905188 2. ปวิตรา 4905258

By: 4905-188/258 August 4, 2009 16:20

ข้อความที่ 4:
TOPIC:เปรียบเทียบความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการของ แมวบ้าน (domestic cat) กับแมวป่า (wild cat)

Sequence source: http://www.ncbi.nlm.nih.gov
Keyword search: Felis AND 16s rRNA


Seqeuence alignment by: ClustalW2
URL: http://www.ebi.ac.uk/Tools/es/cgi-bin/clustalw2/result.cgi?tool=clustalw2&jobid=clustalw2-20090804-0954121784&poll=yes


Phylogenetic construction and evaluation by: Tree Top
URL:http://www.genebee.msu.su/services/phtree_fu
ll.html

โดย อรุณา ประสพธรรม 4905075 SCBI

By: อรุณา 075 August 4, 2009 16:20

ข้อความที่ 5:
ผู้ส่งอีเมล์มาแล้ว

u4905317@student.mahidol.ac.... Phylogenetic Lab2 Homework 242 k

Jakkrit jongjirawanitpan รายงาน Bioinformatic lab 2 จักรกฤษณ์ 4905190 198 k

NAPAT TANAPUMISAKUL Phylogenetic tree lab2 96 k

Pitirat Pholpabu SCBT401 Phylogenetic tree 821 k

สุภกร สุวรรณพรินทร์ รายงานผลการทำ phylogenetic tree (lab 2) 141 k


By: อ.โจ้ August 4, 2009 16:21

ข้อความที่ 6:
u4905032@student.mahidol.ac.... Lab 2 SCBT401

By: อ.โจ้ August 4, 2009 16:22

ข้อความที่ 7:
Miniproject questions
Dengue voris serotype 2 สายพันธุ์ใดที่เก่าแก่ที่สุด
โดยเทียบจาก cDNA sequence ของ Envelop protein จากไวรัสที่แยกได้จากคนไข้ในประเทศต่างๆ ในภูมิภาคเอเชียใต้และเอเชียตะวันออกเฉียงใต้

Databases
http://www.ncbi.nlm.nih.gov

Alignment service website (URLs)
CLUSTALW2 (http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html)

Phylogenetic tree reconstruction websites (URLs).
http://www.genebee.msu.su/services/phtree_full.html

โดย นส.ณัญญา โชติวรรณ SCBI 4905019

By: Nunya August 4, 2009 16:22

ข้อความที่ 8:
หมีแพนด้า (Ailuropoda melanoleuca) มีความคล้ายกับ
1.หมีหมา (Ursus malayanus)หรือ (Helarctos malayanus)
2.หมีควาย (Ursus thibetanus) หรือ (Selenarctos thibetanus)
3.หมีขอ (Arctictis binturong)
4.หมีสีน้ำตาล (Ursus arctos)
5.หมีขั้วโลก (Ursus maritimus)
6.หมีดำอเมริกา (Ursus americanus)
7.หมีโคอาล่า (Phascolarctos cinereus)
อย่างใดมากกว่ากัน

ฐานข้อมูลที่ใช้คือ NCBI GenBank nucleotide

โปรแกรมที่ใช้คือ CLUSTALW2
http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html

phylogenetic tree reconstruction website
http://www.ebi.ac.uk/Tools/es/cgi-bin/clustalw2/result.cgi?tool=clustalw2&jobid=clustalw2-20090804-0902483402&poll=yes


By: ไกรวุฒิ (006) August 4, 2009 16:23

ข้อความที่ 9:
u4905119@student.mahidol.ac.... Phylogenetic tree reconstruction laboratory

tue... pui... Lab 2 SCBT 401

By: อ.โจ้ August 4, 2009 16:26

ข้อความที่ 10:
Identify your question ; สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมที่อาศัยอยู่บนบกและในน้ำจะมีบรรพบุรุษร่วมกันกันหรือไม่

Databases
http://www.ncbi.nlm.nih.gov

โปรแกรมที่ใช้คือ CLUSTALW2
http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html

Phylogenetic tree reconstruction websites (URLs).
http://www.genebee.msu.su/services/phtree_full.html


By: วรนุช 300 & ดรุณมาศ 119 August 4, 2009 16:35

ข้อความที่ 11:
TOPIC:เปรียบเทียบความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการของ แมวบ้าน (domestic cat) กับแมวป่า (wild cat)

Sequence source: http://www.ncbi.nlm.nih.gov
Keyword search: Felis AND 16s rRNA


Seqeuence alignment by: ClustalW2
URL: http://www.ebi.ac.uk/Tools/es/cgi-bin/clustalw2/result.cgi?tool=clustalw2&jobid=clustalw2-20090804-0954121784&poll=yes


Phylogenetic construction and evaluation by: Tree Top
URL:http://www.genebee.msu.su/services/phtree_fu
ll.html

โดย อรุณา ประสพธรรม 4905075 SCBI

By: อรุณา 075 August 4, 2009 16:38

ข้อความที่ 12:
ได้รายงานเพิ่มจาก

u4905119@student.mahidol.ac.th

meequay Up [meequay@hotmail.com]

อัสสุมา สายนาคำ [b_farin@hotmail.com]

u4905258@student.mahidol.ac.th

ครับ


By: อ.โจ้ August 4, 2009 16:41

ข้อความที่ 13:
เพิ่มเติมครับ

juthamard limkul [jah_suksun@hotmail.com]

อัครพล วัชราวิภาส [bosskung01@hotmail.com]

By: อ.โจ้ August 4, 2009 16:57

ข้อความที่ 14:
ผมอัพเดทงานที่ส่งไว้ด้านบนสุดแล้ว อาจเปลี่ยน title เพื่อความเหมาะสม ขาดงานของใครไปหรือไม่? ส่งอีเมล์มาเพิ่มเติมได้ครับ

By: อ.โจ้ August 4, 2009 17:46

ข้อความที่ 15:
อัพเดทนักศึกษาส่งงานเพิ่มวันนี้ (ดูโพสต์บนสุด)

By: อ.โจ้ August 6, 2009 16:53

ข้อความที่ 16:
message 8 ค่ะ พี่ขอแนะนำว่าให้ include red panda and raccoon ลงไปด้วยค่ะ แล้วอย่าลืมเลือก out group ที่เหมาะสมด้วยนะคะ หนุกค่ะงานนี้

ว่าแต่ อาจารย์โจ้เน้น online program เหรอคะ ไม่เห็นเด็กๆเอ่ยถึง program ยอดนิยมเช่น PAUP หรือ McClade เลย (ไม่รู้ว่า PAUP มี version PC หรือยัง)

By: dumboudng August 6, 2009 17:05

ข้อความที่ 17:
เน้นของฟรีครับ

กับ 2 เลคเชอร์ 2 แล็บ ก็ถือว่าใช้ได้แล้วในระดับนี้

By: อ.โจ้ August 7, 2009 05:37

ข้อความที่ 18:
อยากให้ลอง explore ด้าน phylogenomics ดูนะครับ ลองโหลดเอาจีโนมต่างๆมาเล่นดู ข้อจำกัดก็มีอยู่บ้่างเพราะสปีชีส์ที่มีจีโนมสมบูรณ์แล้วส่วนใหญ่จะเป็นโปรคารีโอต แต่ก็เป็นอีกด้านหนึ่งที่น่าสนใจเลยทีเดียว หากผมกลับไป ก็อยากจะลองเอาไปทดลองสอนดูเหมือนกัน

อีกอย่างนึงที่น่าสนใจคือ comparative genomics โดยใช้เครื่องมือแบบ meta-analysis อันนี้ก็น่าสนใจโดยการนำข้อมูลที่อยู่ในฐานข้อมูลต่างๆมาศึกษา แล้วสามารถใช้โปรแกรมตามเว็บต่าง ๆ ได้ฟรี เพื่อมาวิเคราะห์โจทย์ปัญหาที่เราต้องการจะไข เช่น Protein network, signaling เป็นต้น เพื่อให้เห็นความสัมพันธ์ในวงกว้าง

ใครสนใจด้านนี้ก็มาคุยกันได้ครับ สนุกดี



By: TJ August 7, 2009 12:54

ข้อความที่ 19:
ข้อสอบปลายภาคในส่วนของผม 40 คะแนนตรวจเสร็จแล้วครับ เอา histogram มาให้ดู

ปลายภาค 40 คะแนน mean อยู่ที่ 29 คะแนน

ยังต้องรวมคะแนนกับส่วนอื่นๆก่อนตัดเกรด

By: อ.โจ้ October 6, 2009 09:48

[Back to top...]
ตอบกระทู้
 
ข้อความ:
PIN: (โปรดพิมพ์เลขหนึ่งสามตัวในช่องว่างนี้)
ชื่อ:
อีเมล์:
 
 
Special Tags:

Bold = [b]Bold[/b]

Gallus gallus domesticus = [i]Gallus gallus domesticus[/i]

WARNING! = [font color=#FF0000]WARNING![/font]

http://www.sc.mahidol.ac.th/scbi = [url]http://www.sc.mahidol.ac.th/scbi[/url]

scnop@mahidol.ac.th = [email]scnop@mahidol.ac.th[/email]

= //Angry

= //Grin

= //Kidding

= //Laugh

= //Sad

= //Wow

= //Smile

= //Cool

= //Huh

= :-D

Insert picture [img]http://www.somewhere.com/somefile.jpg[/img]

ภาควิชาชีววิทยา คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล
ถนนพระราม 6 เขตราชเทวี กรุงเทพมหานคร 10400

โทร. 02-201-5250 แฟกซ์. 02-354-7161
เว็บมาสเตอร์ scnop@mahidol.ac.th