Webboard : สอบถามเรื่อง rDNA ค่ะ

 
Date Content
ra
03-04-2011 19:10:08

คือ หนูเคยได้ยินได้ rRNA เลยอยากทราบว่า rDNA คือ ribosome ที่เกาะที่ DNA หรือเปล่าคะ


 


แล้วทำไมเวลาที่จะจำแนกสายพันธุ์ของเชื้อต่างๆ จึงนิยมหา seguence บริเวณ 16s rDNA ค่ะ

ra
03-04-2011 19:17:05
หรือว่า rDNA คือ recombinant DNA ค่ะ
ธนรรถ
03-04-2011 22:47:57
มาจาก ribosomal ครับ

ribosomal DNA ก็คือส่วนของยีนที่จะถูก transcribe ให้เป็น ribosomal RNA และ ribosomal RNA ก็จะไปเป็นส่วนประกอบของ ribosome ที่ใช้ใน translation

การที่ใช้ ribosomal DNA ในการติดตามกระบวนการ evolution มีหลายสาเหตุ แต่ปัจจัยหลักคือ sequence นี้ค่อนข้างถูก conserved และ เป็นที่เข้าใจว่าลำดับพันธุกรรมของ ribosomal DNAไม่อยู่ภายใต้ pressure ที่ทำให้ sequence มีการเปลี่ยนแปลง

ขออนุญาติถามเพิ่มค่ะ
13-04-2011 22:48:44

ถ้าต้องการจำแนกสายพันธุ์โดยใช้ 16s rDNA มักจะสกัด genomic DNAของเชื้อที่ต้องการออกมา แล้วใช้ primer ที่จำเพราะกับบริเวณ 16s rDNA ส่วนใหญ่ที่ใช่กันคือ 20F   และ 1500R มาทำ PCR แล้วค่อยนำ PCR product ที่ได้มาหา sequence


 


หนูสงสัยว่าถ้าเราไม่รู้ sequence ของ 16s rDNA ตั้งแต่แรกและต้องการที่จะจำแนกสายพันธุ์โดยใช้ sequence บริเวณนี้ แล้วทำไมถึงรู้ว่า ควรใช้primer 20F  1500R ในการทำ PCR คะ 


และปกติเชื้อสายพันธุ์ที่ต่างกันจะมี sequence บริเวณ 16s rDNA ต่างกันใช่หรือปล่าวคะ

KY
14-04-2011 10:25:27
สำหรับ bacteria เค้าจะมี universal primers ที่ใช้จับกับ sequence ของ baterial rDNA ได้เกือบทุกตัว โดย sequence ของ primers นี้จะมี degeneracy ในตำแหน่ง base หลายตัว เพื่อรองรับความหลากหลายของ sequence ต่างๆ ซึ่งเราสามารถสั่งตอน design primers ได้ว่าตำแหน่งไหนให้ทางบริษัททำ random ระหว่างเบสอะไรบ้าง

ตัวอย่างเช่น

Forward primer: AGAGTTTGATCMTGGCTCAG
Reverse primer: AAGGAGGTGATCCANCCRCA

จะสังเกตว่ามีบางเบสที่เป็น M เป็น N เป็น R ซึ่งตัวอักษรเหล่านี้เป็น code สำหรับการ synthesize primer ว่าจะเป็นการ random ระหว่างเบสตัวไหนกับตัวไหน (ผมจำไม่ได้ว่ามันระหว่างอะไรกับอะไรแน่)
Nattha
23-07-2011 11:32:23
ขอบคุณมากเลยค่ะ ^^
panthai
18-01-2012 00:34:08
ขอบคุณค่ะ
ia
26-02-2012 16:34:56
คืออยากทราบเกี่ยวกับ phylogenetic tree นะคะ คืออยากได้ข้อมูลไปประกอบการทำรายงานนะคะ
fang_B50@hotmail.com
19-03-2012 17:36:28
แล้วถ้าเป็นเชื้อรา จะใช้ 
universal แบบไหนค่ะ
mon
22-09-2012 12:52:25
16s rDNA คือ อะไรค่ะ
KY
24-09-2012 08:18:57
เรื่องเชื้อราผมไม่แน่ใจ ขอไปหาข้อมูลก่อน ส่วนอีกคำถาม 16s rDNA คืออะไร มันก็คือยีนที่สร้าง 16s rRNA ที่เป็นส่วนประกอบของ 30s subunit ของ ribosome ครับ
KY
24-09-2012 08:23:25
สำหรับเชื้อรา เข้าใจว่าคงเหมือน eukaryotes ตัวอื่นคือใช้ 18s rDNA สำหรับการแยกไปถึงระดับ genus แล้วใช้ ITS sequence ในการแยก species ข้อมูลลองไปดู web site นี้ละกันครับ



SK
15-01-2013 20:35:53
universal primers  คืออะไรค่ะ
KY
16-01-2013 03:22:30
universal primers ก็คือ primers ที่สามารถจับกับ DNA ที่มาจากสิ่งมีชีวิตหลายๆชนิดในกลุ่มนั้น เช่น bacteria ก็จะมี universal primers สำหรับการตรวจ 16s rDNA เชื้อราก็จะมีสำหรับ 18s เป็นต้น
Rattanaporn
05-02-2013 23:26:46
อยากทราบว่าเจ้ายีน 16s rRNA นี้ มันเป็นยีนที่สร้างโปรตีนหรือป่าวคะ หามานานเเล้วยังไม่เจอเลย รบกวนสอบถามหน่อยคะ
KY
06-02-2013 08:30:52
rRNA เป็น RNA ที่ประกอบกับ ribosomal protein ตัวอื่นเป็น ribosome ครับ สรุปคือ ribosome เป็น machinery สำหรับการ translation ที่มีส่วนที่เป็นโปรตีน และ RNA ประกอบกันเป็น functional unit ตัว RNA นั้นเรียกว่า rRNA ครับ ซึ่ง transcribed มาจาก rDNA ครับผม
Rattanaporn
06-02-2013 12:26:34
สรุป คือ มันไม่ได้ผลิตโปรตีนใช่มั้ยคะ
เจตน์สฤษฎิ์
19-11-2013 19:41:10
ขอบคุณครับ ช่วยได้มากเลย ^^
Kotchaphan
06-12-2013 21:35:56
สอบถามเกี่ยวกับ Phtlogenetic tree คะ 
คืออยากทราบว่า นอกจาก 16s rRNA แล้ว มียีนส์อื่นที่ใช้จำแนกแบคทีเรียได้มั้ยคะ ?

แล้วถ้ามี แต่ละตัวใช้ประโยชน์หรือมีประโยชน์ยังไงบ้างค่ะ รบกวนด้วยคะ ^_^
JA
09-02-2015 09:10:07
อยากทราบรายละเอียดเกี่ยวกับ 23SrDNA คะ ใช้ในการ identify แบคทีเรียชนิดใดคะ
lookmoo
09-03-2015 11:13:48
ขอสอบถามนะคะ  แล้วใน phytoplasma นี้ ใช้ 16s rRNA  Domain ไหนค่ะ ในการแยก phytoplasma ออกจาก แบคทีเรีย  

ขอบคุณล่วงหน้านะคะ
PIM
21-10-2015 14:51:38
1. second internal transcribed spacer (ITS-2) คืออ่ะไร มีหน้าที่อย่างไรค่ะ  


2. nicotinamide dehydrogenase subunit 4 gene (nad4)  คืออ่ะไร มีหน้าทีอย่างไร

welovechemi
01-04-2016 20:01:19
กำลังสงสัยเรื่องนี้อยู่พอดี นอกจากเคมีก็ชอบเรียนรู้บริการ SEO ที่ช่วยกระจายความรู้ทางเคมีที่ถูกต้องให้คนได้อ่านกันเยอะๆ
Lin
03-10-2016 12:15:44
อยากทราบว่า ที่ใช้ในการ sequencing เพื่อจัดจำแนก หรือระบุสายพันธุ์เชื้อนั้นๆ เป็น 16S rDNA หรือ 16S rRNA คะ
Hafiz
15-12-2016 14:01:52
อยากทราบว่า internal control primer ของพืช คืออะไรครับ
Nattapol Seehawat
16-10-2017 17:19:46
recombinant DNA: DNA formed by the joining of genes into new combinations.

ribosomal RNA (rRNA): A class of RNA molecules serving as components of ribosomes.

Or Ribosomal RNAs (rRNAs) are constituents of ribosomes, the intricate cellular machines that synthesize proteins.

ส่วนรูปนี้น่าจะบอก 16s ได้ดียิ่งขึ้นครับ

เท่าที่ผมทราบเพราะทำงานด้านนี้ 50s หรือ 30s เป็นเป้าหมายในการโจมตีพวกเชื้อแบคทีเรีย โดยยาต้านจุลชีพหรือยาฆ่าเชื้อครับ
ยกตัวอย่างเช่น streptomycin พระเอกยาฆ่าเชื้อที่มีโครงสร้างเป็นคาร์โบไฮเดรต ที่เคยกล่าวถึงในกระทู้อื่น ยาฆ่าเชื้อตัวนี้เป็นตัวเอกในการต่อกรกับวัณโรค (tuberculosis) และก็ได้รางวัลโนเบลจากการค้นพบด้วยนะครับ อ่าลืมบอก target ของยาตัวนี้คือ rRNA 30s ครับผม ซึ่งก็ในยูคาริโอตหรือสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมอย่างเรา ๆ ไม่มี เราเลยไม่ได้ซวยไปด้วย

กระทู้โนเบลอีกแล้ว สมกับที่เราเคยเรกค้อกไนซิเรื่อง H. pylori ก่อนโนเบลใช่ไหมครับ ผมเคยโดดเรียนไปฟังที่พญาไทช่วงเย็นวันพุธ คิดถึงจัง 

ปัจฉิมลิขิต รูปจากเรนิงเจ้อร์ฮะ 
Nattapol Seehawat
16-10-2017 17:27:35
วิกิพีเดียบอกว่า Ribosomal DNA (rDNA) is a DNA sequence that codes for ribosomal RNA.
ผมว่าเรียบง่ายดี 

ผมว่าน่าจะเป็นคำตอบที่ชัดเจนเลยสำหรับผู้ตั้งกระทู้ 
แต่ส่วนใหญ่ถ้าจะย่อ rDNA อาจจะด้วยพันธุวิศวกรรมที่มาแรงในช่วงนี้
Google result แรกจึงบอกว่ามันย่อมาจาก recombinant DNA ครับ

Reply : สอบถามเรื่อง rDNA ค่ะ
Content
Validation  
By